低成本SCI思路王者--基因家族分析与泛基因家族分析合体了！
有参考基因组的物种没实验也能发SCI，不加实验发3-4区，有实验发2区，基因家族分析的适用性无与伦比；泛基因家族分析更是无实验稳发2区，加实验稳1区，今天鱼和熊掌终于可以兼得了！
2025年8月17日-20日，在杭州，4天时间，基因家族和泛基因家族分析一并教会你！想发几区发几区！
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课程内容及优势
组学大讲堂是国内领先的生物信息培训机构，已培训学员近100000人，仅基因家族分析实操班已成功举办30+期，经验丰富。本课程有如下优势：
优势1：内容全面：涵盖一区、二区文章常用分析条目，一课掌握核心技能优势2：零基础友好：针对初学者设计，分析代码封装，数据整理完善，复制粘贴即可上手，一键配置分析环境，学习即实战优势3：硬件要求低：云服务器教学，指令发送由服务器处理，个人电脑可正常办公优势4：售后无忧：2年超长时间售后答疑，学习全程无忧
课程内容
第一节：基因家族介绍1.基因家族相关概念介绍2.基因家族分析文章解读3.基因家族常规分析总结及高分文章思路第二节：Linux入门学习与生信环境搭建1.Linux系统简介（bash，内核，命令行界面等）2.Linux基础命令学习（cd、ls、awk、grep、sed等）3.介绍Docker运行原理、学习镜像使用、容器管理相关命令4.利用Docker镜像搭建生信分析环境第三节：基因家族成员鉴定1.以拟南芥物种为例，鉴定WRKY基因家族成员2.学习从数据库网站（NCBI、Ensembl、JGI等）下载物种基因组，并进行数据处理3.学习不同的鉴定方法（Hmmsearch、Blastp）4.对鉴定结果在在线数据库二次确认（pfam，CDD，SMART）
第四节：基因家族成员遗传进化分析及基因结构分析1.基于鉴定成员序列构建家族成员进化树（iqtree2、MEGA）2.使用iTOL对进化树进行高级美化（文字及树枝颜色大小、分组标记等）3.使用生信软件绘制基因结构图、染色体定位图4.学习保守基序分析、顺式作用元件分析
第五节：物种内基因加倍与串联重复分析和物种间进化关系分析1.借助MCScanX鉴定物种内大片段复制基因对和串联重复基因对2.使用circos软件绘制出精美圈图3.进行基因选择压力KaKs分析，估算分化时间4.基因家族成员在不同物种间进化关系分析（JCVI以拟南芥和白菜物种为例，鉴定物种间的共线性区块和WRKY基因对）5.对多个物种共线性分析发现保守基因6.多物种共线性分析结果绘图并美化排版
第六节：基因家族成员表达模式分析1.对转录组数据搜索筛选2.基因家族基因不同发育阶段不同部位表达热图展示第七节：基因家族蛋白互作网络分析1.STRING获取成员蛋白序列之间互作关系2.Cytoscape绘制蛋白互作网络图
第八节：基因家族蛋白结构分析1.基于同源建模方法预测蛋白3D结构2.绘制蛋白结构域多序列比对图（保守结构域展示）3.预测蛋白序列的亚细胞定位
第九节：泛基因家族成员鉴定1.以拟南芥物种泛基因组数据为例，鉴定WRKY基因家族成员2.学习从数据库网站下载物种泛基因组，并进行数据预处理3.hmmer结构域检索，鉴定泛基因家族成员4.对鉴定结果在在线数据库二次确认（pfam，CDD，SMART）5.泛基因家族成员序列提取（CDS序列、蛋白质全长序列、结构域序列）第十节：泛基因家族成员PAV分析1.泛基因列表构建（jcvi鉴定同源区段）2.泛基因家族成员存在缺失PAV分析，结果可视化（绘制存在缺失热图）
第十一节：泛基因家族成员系统发育和选择压力分析1.泛基因家族成员系统发育树构建（iqtree，采用最大似然法，根据蛋白质全长序列或结构域序列构树）2.泛基因家族成员选择压力分析，结果可视化展示（绘制各基因Ka/Ks密度分布图、kaks>1的基因在不同基因组中频率分布的热图）
第十二节：泛基因家族成员结构变异相关分析1.结构变异结果文件和基因表达量列表数据下载、格式解读2.ANNOVAR对结构变异进行基因注释3.提取泛基因家族结构变异基因4.泛基因家族成员表达量和结构变异相关性分析5.筛选表达量显著改变的候选家族成员，绘制柱状图6.候选家族成员的基因结构和motif分析（候选基因的基因结构和motif分析）7.分析结构变异对泛基因家族保守结构域的影响（筛选具有最多结构变异泛基因家族成员的基因组，分析保守结构域）
第十三节：文章差异表达分析结果可视化1.根据文章的差异表达分析(DEG)结果，绘制热图2.差异表达泛基因家族成员与转录因子之间的共表达网络绘制（使用Cytoscape工具进行基础的网络图绘制）
日程具体安排
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常见问题解答
1. 集中4天培训是否可以学完这么多内容？答：经过多年课程优化，尽量合并操作环节，分析代码已经封装好，整理好数据，复制粘贴即可分析自己的数据，大大降低了分析难度，4天完全可以学完以上分析内容。2. 培训后提供回放吗？答：培训结束，不是学习的结束，课后可以获得对应线上录播视频课程，两年内不限次观看。分析所用软件、代码、课件、笔记均会提供，另外赠送组学大讲堂云服务器3个月的使用权限，学员课后仍可方便的进行练习。
3. 培训的时候是在云服务器上，如果换了设备，分析步骤还一样吗？答：组学大讲堂培训采用先进的docker虚拟机，无论在什么设备上，凡是使用我们提供的镜像，均可保持一致的操作环境，真正做到怎么学就怎么用。4. 能否提供发票？答：由北京组学生物科技有限公司提供正规发票。
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培训时间、地点及费用
举办时间：2025年8月17日-8月20日（4天）；举办地点：杭州培训费用：原价4480元/人，限时优惠3980元/人优惠信息：① 团报优惠：2人及以上同时报名，额外优惠200元/人。② 赠送价值700元组学大讲堂云服务器3个月使用权；③ 老学员有重大优惠，扫描下方二维码详询；
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报名方式
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